Proteómica
La proteómica de escopeta es una técnica proteómica ascendente para identificar proteínas en mezclas complejas mediante espectrometría de masas.
A menudo se combinan múltiples métodos de fraccionamiento o separación para mejorar la relación señal-ruido y la cobertura del proteoma y para reducir las interferencias entre péptidos en la proteómica cuantitativa. Además, un determinado método de fraccionamiento proporciona información adicional sobre los analitos, como el peso molecular, la hidrofobicidad o el punto isoeléctrico, que puede utilizarse para mejorar la identificación y para descubrir variantes de empalme de proteínas o grandes modificaciones postraduccionales.
Tras la lisis o el aislamiento celular, los lisados suelen contener contaminantes que no son compatibles con los pasos posteriores.
AFFINISEP ha desarrollado herramientas especiales basadas en los discos AttractSPE que pueden de las muestras de forma sencilla y eficaz:
- Desalar :
Antes del análisis por EM de péptidos o proteínas, la etapa de desalación es un paso crucial para eliminar las sales y purificar los péptidos/proteínas de los digeridos en gel y en solución.
La elección del sorbente es importante, ya que el sorbente se unirá a los péptidos y permitirá que la sal y otros contaminantes sean lavados de la muestra. A continuación, los péptidos y las proteínas limpias se eluyen y se analizan.
- Fraccionar :
El fraccionamiento de péptidos es un paso extremadamente importante y desafiante en los enfoques proteómicos que se enfrentan a mezclas cada vez más complejas.
El objetivo es simplificar cada fracción para un análisis simplificado que permita extraer más información.
- Eliminar detergentes :
Para una buena solubilización de las proteínas y sus digestiones, se requieren detergentes.
Estos compuestos pueden afectar a la identificación de péptidos/proteínas y su eliminación es un paso importante para una mayor identificación de péptidos. - Intercambiar tampón.
Se pueden utilizar varios sorbentes como HLB, C18, C8, DVB (hidrofóbicos), polímeros iónicos para interacciones débiles o fuertes (RPS,SAX, WAX, SCX, WCX)… El producto existe bajo varios formatos de Stage tips (SPE tips), Spin SPE, 96 Plates SPE (1mL o para microelución) o columnas SPE basadas en discos. Si necesita ampliar su purificación, exactamente la misma resina está disponible en formato de cartucho.
Hay varios formatos disponibles según el tamaño de la muestra: puntas SPE, tubos giratorios de 2 ml/15 ml/50 ml, cartuchos con discos SPE o placas de 96 pocillos de 1 ml/microelución.
Para responder a la necesidad de un alto rendimiento y una rápida eliminación de pequeñas moléculas de las preparaciones de muestras de proteínas, hemos ampliado nuestra oferta con placas de 96 SPE.
Nuestro folleto de aplicaciones biomoleculares recopila la principal información útil sobre:
- Girable, automatizable, HT de alto rendimiento, Micro-SPE para microextracción
- Proteómica
- Descubrimientos de biomarcadores
- Aplicaciones biológicas
> Consulte nuestro folleto de aplicaciones biomoleculares.
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Póster Desarrollo y optimización de un método para la desalación automatizada de péptidos
Nuevo póster
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Estimation of the working range on BioSPE™PurePep SPE Tips – Standard capacity
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Affinisep poster BioSPE™ PepFrac – Fractionation
New poster!
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Identification of more than 97% proteins after purification by using the StageTips AttractSPE®Disks Tips C18
Nuevo !
- Proteómica
AN ATTRACTSPE®DISKS TIPS C18 - PEPTIDES
El tiempo que pasamos durmiendo se ajusta al tiempo previo que pasamos despiertos y, por tanto, se cree que está bajo un estricto control homeostático. Mediante el uso de la fosfoproteómica cuantitativa, los autores demuestran que el TNFα microglial controla miles de sitios de fosforilación durante el período de sueño. Los sustratos del TNFα microglial comprenden quinasas promotoras del sueño y numerosas proteínas sinápticas, incluyendo un subconjunto cuyo estado de fosforilación codifica la necesidad de dormir y determina la duración del sueño. Como resultado, la falta de TNFα microglial atenúa la acumulación de la necesidad de sueño, medida por la actividad de ondas lentas, e impide la compensación inmediata de la pérdida de sueño.
La desalación del digerido tríptico se realizó con StageTips de fabricación casera, hechos apilando tres capas de AttractSPE®Disks Bio C18 (SPE-Disks-Bio-C18-47.20) en puntas de pipeta de 200µL (equivalentes a nuestras AttractSPE® Disks Tips C18, ref Tips-C18.T3.200.96, y que contienen 2mg de material C18).
¡Nuevo! Microglial TNFα orchestrates brain phosphorylation during the sleep period and controls homeostatic sleep, Maria J Pinto, Léa Cottin, Florent Dingli, Victor Laigle, Luís F. Ribeiro, Antoine Triller, Fiona J Henderson, Damarys Loew, Véronique Fabre, Alain Bessis, 2022. Acceso abierto.
El envejecimiento afecta a la homeostasis del hierro, como demuestran la carga y la toxicidad del hierro en los tejidos y la anemia común en los ancianos. En los mamíferos, las necesidades de hierro se satisfacen principalmente mediante el reciclaje de hierro de los glóbulos rojos (RBC) senescentes, una tarea realizada principalmente por los macrófagos de la pulpa roja (RPM) esplénica a través de la eritrofagocitosis. Dado que los macrófagos de la pulpa roja procesan continuamente el hierro, sus funciones celulares podrían ser susceptibles de sufrir un declive dependiente de la edad, una condición que ha sido en gran medida inexplorada hasta la fecha. Los resultados de este estudio mostraron que los ratones hembra de 10-11 meses de edad presentan una carga de hierro, una actividad lisosomal disminuida y una tasa de eritrofagocitosis reducida en los RPM.
Los péptidos trípticos se desalaron con AttractSPE®Disks Bio C18 (SPE-Disks-Bio-C18-47.20) empaquetados en StageTips (equivalentes a nuestros AttractSPE® Disks Tips C18, ref Tips-C18.T1.200.96).
¡Nuevo! Impaired iron recycling from erythrocytes is an early hallmark of aging, Patryk Slusarczyk, Pratik Kumar Mandal, Gabriela Zurawska, Marta Niklewicz, Komal Kumari Chouhan, Matylda Macias, Aleksandra Szybinska, Magdalena Cybulska, Olga Krawczyk, Sylwia Herman, Michal Mikula, Remigiusz Serwa, Malgorzata Lenartowicz, Wojciech Pokrzywa, Katarzyna Mleczko-Sanecka, 2022. Acceso abierto.
La geranilgeraniltransferasa rab (GGTasa-II, RGGT) cataliza la modificación postraduccional de proteínas implicadas en varias patologías, como el cáncer, la diabetes, las enfermedades neurodegenerativas y las infecciosas. Por ello, se cree que los inhibidores de RGGT son una plataforma potencial para el desarrollo de fármacos y herramientas para el estudio de procesos relacionados con la actividad anormal de estas proteínas. Aquí se han preparado una serie de análogos y algunos de ellos han mostrado una actividad micromolar contra el RGGT, que se correlaciona con su capacidad para inhibir la proliferación de la línea celular de cáncer HeLa.
En este estudio, se utilizaron stagetips basados en AttractSPE®Disks Bio C18 (SPE-Disks-Bio-C18-47.20) y equivalentes a nuestros AttractSPE® Disks Tips C18 (ref Tips-C18.T1.200.96) para desalar las mezclas de péptidos antes del análisis LC-MS.
¡Nuevo! Rational design, optimization, and biological evaluation of novel α-Phosphonopropionic acids as covalent inhibitors of Rab geranylgeranyl transferase, Joanna Małolepsza, Aleksandra Marchwicka, Remigiusz A. Serwa, Sanna P. Niinivehmas, Olli T. Pentikäinen, Edyta Gendaszewska-Darmach & Katarzyna M. Błażewska, Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, Volume 37, Issue 1, 940-951, 2022. Acceso abierto.
Las hormonas vegetales citoquinina (CK) fueron purificadas con alta eficiencia gracias a la combinación de un sistema de tres capas C18 – RPS – SCX Stagetips a un estudio para mejorar la adaptación de las plantas al estrés térmico.
¡Nuevo! Priming Maritime Pine Megagametophytes during Somatic Embryogenesis Improved Plant Adaptation to Heat Stress; María Amparo Pérez-Oliver, Juan Gregorio Haro, Iva Pavlovic, Ondrej Novák, Juan Segura, Ester Sales, Isabel Arrillaga, Plants 2021, 10, 446. Acceso abierto.
La huella de masa de péptidos de colágeno, más conocida como Zooarqueología por Espectrometría de Masas (o ZooMS) cuando se aplica a la arqueología, se ha convertido en algo inestimable para la identificación taxonómica de los materiales arqueológicos colágenos, en particular los restos óseos fragmentarios y modificados. Antes del análisis espectrométrico basado en MALDI, el colágeno debe ser extraído de la matriz inorgánica del hueso, aislado y purificado.
Las muestras arqueológicas se purificaron según el método SP3 (Single-Pot, Solid-Phase, Sample-Preperation) utilizando StageTips (equivalente a AttractSPE®Disks Tips C18 ref C18.T2.200.96) de dos AttractSPE® Disks Bio C18 recortados (SPE-Disks-Bio-C18-100.47.20).
¡Nuevo! Testing the efficacy and comparability of ZooMS protocols on archaeological bone, Wang Naihui, Brown Samantha, Ditchfield Peter, Hebestreit Sandra, Kozilikin Maxim, Luu Sindy, Wedage Oshan, Grimaldi Stefano, Chazan Michael, Horwitz Kolska Liora, Spriggs Matthew, Summerhayes Glenn, Shunkov Michael, Richter Korzow Kristine, Douka Katerina, Journal of Proteomics, Volume 233, 104078, 2021.
El empalme del pre-ARNm catalizado por el espliceosoma representa un paso crítico en la regulación de la expresión genética que contribuye a la diversidad del transcriptoma y del proteoma. En este trabajo, investigadores de varios institutos de la Universidad de Colonia (Alemania) han estudiado el papel de Ecdysoneless (Ecd) como regulador crítico del ensamblaje de U5 snRNP y de la estabilidad de Prp8.
Durante estos experimentos, la identificación de proteínas antes de la espectrometría de masas, se han utilizado discos AttractSPE® Bio RPS (SPE-Disk-Bio-RPS-47.20) como Stagetips.
¡Nuevo! ¡Ecd promueve la maduración de U5 snRNP y la estabilidad de Prp8, Steffen Erkelenz, Dimitrije Stanković, Juliane Mundorf, Tina Bresser, Ann-Katrin Claudius, Volker Boehm, Niels H Gehring, Mirka Uhlirova, Nucleic Acids Research, 2021; gkaa1274. Acceso abierto.
En este artículo se describe la técnica de etiquetado de proximidad optimizada para el estudio de las proteínas en las mitocondrias de levadura. Es importante destacar que la BioID (identificación con biotina) permite la identificación de proteínas que interactúan transitoriamente y también de proteínas localizadas en las proximidades del cebo, que pueden no ser copurificadas por experimentos convencionales de pull down. Se utilizaron Stagetips basados en AttractSPE®Disks Bio RPS (SPE-Disks-Bio-RPS-47.20) o disponibles comercialmente (Tips-RPS-M.T2.200.96) para purificar las proteínas bioniladas antes del análisis por espectroscopia de masas.
Mapping protein networks in yeast mitochondria using proximity-dependent biotin identification coupled to proteomics,Roger Salvatori, Wasim Aftab, Ignasi Forne, Axel Imhof, Martin Ott, Abeer Prakash Singh, STAR Protocols, Volume 1, Issue 3, 2020, 100219, Acceso abierto.
En este artículo, se han llevado a cabo cribas genéticas de alto rendimiento que proporcionan un nuevo mapa global de los residuos de histonas necesarios para la reprogramación transcripcional en respuesta al estrés térmico y osmótico.
En este estudio, se realizó el fraccionamiento de fosfopéptidos a alto pH utilizando puntas de carga de gel empaquetadas con AttractSPE®Disks C18 (equivalente a nuestros AttractSPE® Disks Tips C18 y que contienen 1 mg de material C18.
A genetic analysis reveals novel histone residues required for transcriptional reprogramming upon stress, Cristina Viéitez, Gerard Martínez-Cebrián, Carme Solé, René Bö ttcher, Clement M Potel, Mikhail M Savitski, Sara Onnebo, Marc Fabregat, Ali Shilatifard, Francesc Posas, Eul`lia de Nadal, Nucleic Acids Research, Band 48, Ausgabe 7, 17. ¡April 2020, Seiten 3455-3475. Acceso abierto.
La combinación del perfil térmico del proteoma (TPP) con la fosfoproteómica (fosfo-TPP) ofrece una forma de evaluar la relevancia funcional de los sitios de fosforilación identificados a escala de todo el proteoma, comparando el comportamiento de fusión de una proteína y su(s) forma(s) fosforilada(s). En este artículo, se realizaron experimentos de fosfo-TPP en células HeLa utilizando un protocolo optimizado.
En este estudio, el fraccionamiento de fosfopéptidos se llevó a cabo con puntas de carga de gel tapadas con AttractSPE®Disks C18 (equivalentes a nuestros AttractSPE® Disks Tips C18 y empaquetados con 1 mg de material C18.
Impacto de la fosforilación en la estabilidad térmica de las proteínas, Clément M. Potel, Nils Kurzawa, Isabelle Becher, Athanasios Typas, André Mateus, Mikhail M. Savitski, bioRxiv 2020.01.14.903849. Acceso abierto.
Nombre del producto | Precio del producto | Product SKU | Acciones del carrito |
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AttractSPE®Tips RPSTips for molecular biology purpose with RPS sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-RPS-M.T0.10.96 |
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AttractSPE® Disks HLB – 96 wellplate for microelution96 Wellplate with AttractSPE Disk into tip shape well - 1 unit Ref. : µ96W-HLB.T2.1 |
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AttractSPE®Tips RPSTips for molecular biology purpose with RPS sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-RPS-M.T1.10.96 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – WCX for microelution96 wellplates for molecular biology purpose with membrane WCX - Well with shape of pipette tip, 1/pk Ref. : µ96W-WCX.T3.1 |
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AttractSPE®Tips RPSTips for molecular biology purpose with RPS sorbent, 1mL, 96/pk Ref. : Tips-RPS-M.T3.1000.96 |
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AttractSPE®Tips- C18Tips for molecular biology purpose with C18 sorbent, 1mL, 96/pk Ref. : Tips-C18.T3.1000.96 |
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AttractSPE®Tips – SCXTips for molecular biology purpose with SCX sorbent, 200µL, 96/pk Ref. : Tips-SCX.T3.200.96 |
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AttractSPE® Tips SDB200µL -96/pk Ref. : Tips-DVB.T1.200.96 |
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AttractSPE®Tips – SDBTips for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-DVB.T1.10.96 |
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AttractSPE®Tips – SDBTips for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-DVB.T0.10.96 |
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AttractSPE®Tips – SDBTips for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 1mL, 96/pk Ref. : Tips-DVB.T2.1000.96 |
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AttractSPE®Tips – SCXTips for molecular biology purpose with SCX sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-SCX.T1.10.96 |
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AttractSPE®Tips – SCXTips for molecular biology purpose with SCX sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-SCX.T0.10.96 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 15mL - 50/pk Ref. : Spin15-RPS-M.T2.50 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSµSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 96/pk Ref. : µSpin-RPS-M.T2.96 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSµSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 96/pk Ref. : µSpin-RPS-M.T3.96 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 50mL - 50/pk Ref. : Spin50-RPS-M.T3.50 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 50mL - 50/pk Ref. : Spin50-RPS-M.T2.50 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 96/pk Ref. : Spin-RPS-M.T2.96 |
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AttractSPE®Disks Spin RPSSpin tubes for molecular biology purpose with RPS sorbent, 96/pk Ref. : Spin-RPS-M.T3.96 |
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AttractSPE®Disks Spin – SDBSpin tubes for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 96/pk Ref. : Spin-DVB.T3.96 |
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AttractSPE®Disks Spin – SDBµSpin tubes for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 96/pk Ref. : µSpin-DVB.T2.96 |
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AttractSPE®Disks Spin – SDBµSpin tubes for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 96/pk Ref. : µSpin-DVB.T3.96 |
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AttractSPE®Disks 96 plate RPS96 wellplates for molecular biology purpose with RPS sorbent, 1/pk Ref. : 96W-RPS-M.T3.1 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – WCX96 wellplates for molecular biology purpose with WCX sorbent, 1/pk Ref. : 96W-WCX.T2.1 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – C4 for microelution96 wellplates for molecular biology purpose with C4 sorbent - Well with shape of pipette tip, 1/pk Ref. : µ96W-C4.T2.1 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – C496 wellplates for molecular biology purpose with C4 sorbent, 1/pk Ref. : 96W-C4.T3.1 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – C496 wellplates for molecular biology purpose with C4 sorbent, 1/pk Ref. : 96W-C4.T2.1 |
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AttractSPE®Tips – SilicaTips for molecular biology purpose with silica sorbent, 10µL, 96/pk Ref. : Tips-Si.T1.10.96 |
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AttractSPE®Tips – C18-SCXTips for molecular biology purpose with C18-SCX sorbent, 200µL, 96/pk Ref. : Tips-C18-SCX.T3.200.96 |
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AttractSPE®Tips – SilicaTips for molecular biology purpose with Silica sorbent, 1mL, 96/pk Ref. : Tips-Si.T2.1000.96 |
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AttractSPE®Tips – SilicaTips for molecular biology purpose with Silica sorbent, 1mL, 96/pk Ref. : Tips-Si.T3.1000.96 |
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AttractSPE®Disks Bio – C18SPE Disks for molecular biology purpose with C18 sorbent, 47mm diameter, 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-C18-100.47.20 |
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AttractSPE® Disks Bio- C8for biomolecular applications, 47mm diameter, 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-C8-100.47.20 |
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AttractSPE® Disks Bio – RPSfor biomolecular applications - 47mm - 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-RPS-M-47.20 |
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AttractSPE® Disks Bio C4for biomolecular applications - 300A, 47mm diameter, 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-C4-300.47.20 |
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AttractSPE® Disks Bio – SDBSPE Disks for molecular biology purpose with PS-DVB sorbent, 47mm diameter, 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-DVB-47.20 |
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AttractSPE® Disks Bio – SCXSPE Disks for molecular biology purpose with SCX sorbent, 47mm diameter, 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-SCX-47.20 |
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9934 |
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AttractSPE® Disks Bio – SAXSPE Disks for molecular biology purpose with SAX sorbent, 47mm diameter, 20/pk Ref. : SPE-Disks-Bio-SAX-47.20 |
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9933 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – RPS for microelution96 wellplates for molecular biology purpose with membrane RPS- Well with shape of pipette tip, 1/pk Ref. : µ96W-RPS-M.T3.1 |
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9932 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – C18 for microelution96 wellplates for molecular biology purpose with C18 sorbent - Well with shape of pipette tip, 1/pk Ref. : µ96W-C18.T3.1 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – C1896 wellplates for molecular biology purpose with C18 sorbent, 1/pk Ref. : 96W-C18.T2.1 |
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AttractSPE®Disks 96 plate – C1896 wellplates for molecular biology purpose with C18 sorbent, 1/pk Ref. : 96W-C18.T3.1 |
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9929 |
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AttractSPE® Disks Silica – 96 wellplate96 Wellplate with AttractSPE Disk -1mL- 1 unit Ref. : 96W-Si.T1.1 |
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AttractSPE® Disks SDB-SAX – 96 wellplate for microelution96 Wellplate with AttractSPE Disk into tip shape well- 1 unit Ref. : µ96W-DVB-SAX.T1.1 |
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AttractSPE® Disks RPS – 96 wellplate for microelution96 Wellplate with AttractSPE® Disk into tip shape well- 1 unit Ref. : µ96W-RPS-M.T1.1 |
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AttractSPE® Disks RPS – 96 wellplate for microelution96 Wellplate with AttractSPE® Disk into tip shape well- 1 unit Ref. : µ96W-RPS-M.T2.1 |
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AttractSPE® Disks RPS – 96 wellplate96 Wellplate with AttractSPE Disk- 1 unit Ref. : 96W-RPS-M.T2.1 |
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